Eesti hobuste päritolu kohta on vähe andmeid ning sageli on kirjanduses leiduvad andmed üksteisele vastukäivad. Arvatakse, et eesti hobune kuulub tarpanist arenenud põhja metsahobuste rühma koos suure hulga teiste kohalike tõugude: soome, žmuudi, vjatka, obva, tšuvaši, mezeni, onega, olonetsi, vologda, zemgali, obi, petšora, polesje, tavda hobustega. Paljud neist on juba välja surnud või ristatud kultuurtõugudega.
Samas ei ole välistatud, et Eesti aladele rännanud inimesed tõid endaga kaasa idamaist tüüpi hobused Kaspia ja Araali vaheliselt alalt.
Eesti hobust kasutati nii sõjahobusena kui ka tõuparandajana ning veeti suurel arvul välja nii ostuna kui ka sõjasaagina.
Eesti hobune oli selline nagu me teda tänapäevalgi tunneme: väike, vähenõudlik ja vastupidav.
XIX sajandi keskel ja raskemate põllutööriistade kasutuselevõtt tõttu taheti teda suuremaks ja raskemaks muuta. Seda püüti saavutada ristamise teel erinevate tõugudega nagu ardenn, araabia-orlovi ristand. Osa talupoegi hindasid siiski eesti hobust ja aretasid teda puhtal kujul edasi.
Pärast esimest maailmasõda hakati eesti hobust plaanikindlamalt aretama. Korraldati suguloomade märkimisi ning 1921. a. asutati Eesti Maahobuste Kasvatajate Selts. Sisestavaks ristamiseks otsustati kasutada suuremakasvulist soome hobust, kes põlvneb eesti hobusega ühisest põhja-metsahobusest.1970.-te aastate algul ristati endises Kõljala sovhoosis osa eesti hobuseid araabia hobustega, et saada lastele häid ratsahobuseid.
Praegu on põhiliseks aretusmeetodiks puhasaretus, tõukomisjoni otsusega on lubatud aretuses kasutada ka araabiaverelisi hobuseid. Eesti hobune on kantud Vabariigi Valitsuse 30. jaanuari 2001. a määruses nr. 42 toodud ohustatud taimesortide ja loomatõugude loetellu ning ÜRO FAO maailma ohustatud tõugude nimekirja.
Tänapäeval on eesti hobune universaalne väikehobune, keda saab kasutada laste ratsahobusena ja pere- ning turismihobusena.
Omadused
Eesti hobune on äärmiselt vastupidav ning töökas. Seejuures energiline, uudishimulik ja võib öelda et isegi rõõmsameelne. Sarnaselt eestlastele on meie hobune vahest natuke kangekaelne või siis eriti hästi arenenud enese alalhoiu oskus. Eesti hobune on oma loomult nii leebe, et ka lapsed tulevad nendega suurepäraselt toime. Mitte ilmaasjata ei tööta Soome ratsakoolides sadu eesti tõugu hobuseid. Nende töökus, leebe iseloom, pikaealisus ja tugev tervis teeb nad nõutavaks.
KasutusÜha enam on enamasti ponikasvu jääva hobuse rolliks olla laste sportponi. Mitmekülgsena on ta võimekas erinevatel ratsaspordialadel ning rakendispordis. Spordis kasutatavate hobuste arv ei ole paraku väga suur. Kõige edukamaks kasutusalaks on viimastel aastatel osutunud koolisõit. Takistussõitus eelistatakse eesti hobuseid laste esimeste võistlusponidena. Suurt väljundit oodatakse rakendispordist, mis ise on meil alles arengujärgus. Märkimisväärne hulk eesti hobuseid on ka turismis kasutuses.
VärvusedEesti hobune kõige silmapaistvamaks omaduseks on tema värvused. Erinevaid värvusvarjundeid on mitukümmend. Populaarne värvus on hõbemust - must hobune lumivalge lakaga. Hõbegeen kõrvil põhivärvusel nimetakse hõbekõrb, võigul hõbevõik. Kollasegeeni tulemuseks on kollased, võigud ja ahkmustad hobused. Viimasel ajal on tõusnud ka jälle ka algupärasete ulukvärvuste osakaal. Hiirja- ehk ulukgeeni mõjul saab hobune endale seljale juti ning tema jalad on tihti vöödilised. Päris tihti juhtub, et õiget nimetust hobuse värvusele ei leidugi, sest temas on segunenud nii mitmed värvusgeenid.